在击败Robotnik后，Sonic发现一个名为“阴影计划”的项目从军队中逃脱，并开始在镇上大肆破坏。Sonic、Tails和Knuckles联手击败了阴影。阴影希望纪念玛丽亚的遗产，并要求找到传说中的“Fleetway Emerald”的位置，这是一个古老的遗迹，可以让其拥有者释放终极力量。